Twórczość rozpoczęli monografiami na temat literatury i sztuki XVIII w. (Sztuka XVIII wieku 1859-75, wybór polski 1981) i zastosowaną w nich metodę badań (szczegółowa dokumentacja, gruntowna znajomość opisywanych zjawisk) wykorzystali w powieściach zapowiadających naturalizm (Herminia Lacerteux 1865, wydanie polskie 1961); twórcy tzw. stylu artystycznego, charakteryzującego się śmiałymi neologizmami, łamaniem składni, impresjonistycznymi opisami; od 1851 prowadzili dziennik (wydanie częściowe t. 1-9 1887-96, t. 1-25 1956-59, wybór polski 1988), stanowiący bogatą kronikę życia literackiego epoki; po śmierci brata Edmond napisał jeszcze kilka powieści, m.in. Kurtyzana Eliza (1877, wydanie polskie 1928), Bracia Zemganno (1879, wydanie polskie 1979); ufundował też testamentem doroczną nagrodę (Prix Goncourt, przyznawaną od 1903 przez złożoną z 10 pisarzy Akademię Goncourtów) za wybitne osiągnięcia w dziedzinie francuskiej prozy.